Cambiamenti tra il pilot e la prima stagione
Viene realizzata una sigla dove vengono presentati i personaggi.
L'agente speciale Viv Blackadder lascia l'N.C.I.S.
L'ex agente dei Sevizi Segreti Caitlin Todd entra nell'N.C.I.S.
Stagione composta da 23 epidodi.
La stagione e' ambientata nel 2003/2004